基本はＩｎｎｏＤＢです。
MyISAMを選択できるようなケースを考えてみます。
・完全に検索Onlyの場合（基幹系とかから一定間隔で検索用テーブルを再構築する。それ以外の時間は検索のみのようなケース。）
・ログ系のテーブルを出力のみする場合（insertは3～15倍程度MyISAMが高速）
正直、これくらいなのかなと思います。
パフォーマンスについては（5.0.37以上を選択すれば）InnoDBはMyISAMと比べてほとんど同じです。
以下は計測結果です。
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 PrimaryKEY、UniqueIndex、非UniqueIndex
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 取得件数が多い場合
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 SELECT ・・・ LIMIT N
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 副問い合わせ
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 Inner Join
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 Left Join
ただし、更新系性能についてはトランザクション管理がある(InnoDB)とない(MyISAM)とでは当然段違いに性能が違います。
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 UPDATE
InnoDB vs MyISAM パフォーマンス比較 DELETEとINSERT
UPDATEで7倍程度、deleteで4～7倍程度、insertでは前述した通りに3～15倍程度MyISAMが高速です。
ただ、トランザクションがないDBMSで正しく？更新処理を実行することは原則不可能なので、どうしようもありません。
