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logファイルを加工したいケースのほとんどは一つのログファイルをある方針で複数に分割することでしょう。

複数のバーチャルホストのログを同じログファイルに収集していて、後でログファイルを分割する必要が発生した場合は以下で可能です。

1.バーチャルホストの情報をログに追加（例えばですが）

先頭に%vを追加しています

PLAIN TEXT
CODE:
  1. LogFormat "%v %h %l %u %t "%r" %>s %b "%{Referer}i" "%{User-Agent}i"" combined

2.split-logfile（※）を使って、ファイルを分割

PLAIN TEXT
CODE:
  1. split-logfile <ファイル名

分割されたファイルは ホスト名.log という名前になります。

※split-logfileはapacheソースファイルのsupportディレクトリ配下に含まれているperlのスクリプトです。

また、アクセスログを加工するlogtoolsというプロジェクトがあるようですが、あまりたいした機能は含まれていません。

欲しいモノはperlで自分で作るのが良さそうです。